Sông Thương bắt nguồn từ dãy núi Na Pa Phước, làng Man, xã Vân Thuỷ, huyện Chi Lăng, tỉnh Lạng Sơn, chảy trong máng trũng Mai Sao - Chi Lăng và chảy vào địa phận tỉnh Bắc Giang, hợp lưu với sông Lục Nam tại Phả Lại; rồi hợp lưu vào sông Cầu tại Lục Đầu Giang tạo thành hệ thống sông Thái Bình mênh mông. Sông thương có tổng chiều dài 157 km (Chi Lăng Lạng Sơn - Phả Lại Chí Linh); diện tích lưu vưc trên 6660 km2. Sông chảy qua thành phố Bắc Giang (tên cũ là Phủ Lạng Thương) và điểm cuối là phường Phả Lại, thành phố Chí Linh, tỉnh Hải Dương. Nó nhận nước từ sông Lục Nam tại ngã ba Nhãn (nơi giáp ranh giữa Đức Giang, Trí Yên và Hưng Đạo) xuôi về phía nam khoảng 8 km thì hợp lưu với sông Cầu tại ngã ba Lác (nơi giáp ranh giữa Đồng Phúc, Đức Long và Phả Lại) để tạo thành sông Thái Bình tại chính ngã ba Lác.

Trên địa phận tỉnh Bắc Giang, sông Thương chảy qua các huyện Lạng Giang, Yên Thế, Tân Yên, Thành phố Bắc Giang và huyện Yên Dũng.

Sông Thương có các phụ lưu khá lớn là sông Trung, sông Sỏi, sông Máng, Sông Sim và Sông Hóa.

- Sông Trung là chi lưu lớn nhất của sông Thương, bắt nguồn từ thung lũng Đình Cả thuộc vùng núi phía đông nam huyện Võ Nhai tỉnh Thái Nguyên. Sông có chiều dài 35 km, diện tích lưu vưc 1270 km2 (tính đến chỗ hợp lưu tại xã Hồ Sơn, huyện Hữu Lũng).

(Theo Maps hiện hành sông Trung là nhánh chính của sông Thương, nhánh bắt nguồn từ Chi Lăng là nhánh phụ.)

- Sông Sỏi chảy từ huyện Yên Thế (Bắc Giang), chúng hợp lưu tại nơi tiếp giáp của ba huyện: Yên Thế, Tân Yên và Lạng Giang.

- Sông Máng là một sông nhân tạo tại Việt Nam, sông được hình thành từ thời Pháp thuộc và có chiều dài 52 km, sông Máng nối với sông Cầu tại khu vực gần thác Huống (đập Huống) tại khu vực trung tâm tỉnh Thái Nguyên và nối với sông Thương tại Bến Thôn thuộc khu vực tây bắc tỉnh Bắc Giang.

- Sông Sim [ngòi sim] bắt nguồn từ Thái Nguyên chảy qua các huyện hiệp hòa và huyện Việt Yên đến xã Đa Mai thì hợp lưu với dòng sông Thương nước sông Thương vốn trong xanh nay có dòng nước đục thêm vào thành ra sông có hai dòng chảy song song, một bên trong, một bên đục. Do đó hiện tượng này có thể nhìn thấy được tới thành phố Bắc Giang.

- Sông Hóa dài 47 km, lưu vực 385 km2. Đoạn trung lưu hầu hết nằm trong lòng hồ Cấm Sơn, một hồ nổi tiếng của huyện Lục Ngạn, tỉnh Bắc Giang.

Giá trị vận tải được trên 64 km, từ Phả Lại, tỉnh Hải Dương đến thị trấn Bố Hạ, huyện Yên Thế, tỉnh Bắc Giang.

Các loại tàu thuyền có tải trọng 200-250 tấn, xà lan 250-300 tấn tham gia vận tải đường sông từ Phả Lại-Bến Tuần (huyện Lạng Giang, tỉnh Bắc Giang dài 49 km), từ Bến Tuần - Bố Hạ, huyện Yên Thế, tỉnh Bắc Giang các loại thuyền nhỏ có tải trọng từ 50-70 tấn tham gia vận tải được trong 2 mùa (đoạn Bến Tuần - Bố Hạ dòng sông hẹp có nhiều bãi bồi).

Thời phong kiến khi quan, quân lên trấn ải biên thùy Lạng Sơn thì gia quyến của họ được phép tiễn đưa đến con sông này, người đi xa, kẻ ở lại chia tay nhau ở đây thật là thương cảm lên từ đó người con sông nay được gọi là Sông Thương.